64版と3DS版の違い（ムジュラの仮面）

【代表的な要素】

• セーブ方法が時の歌から各地のセーブポイントで行う形に変更
• 時計台内部にシーカーストーン（攻略のヒント）追加
• 神殿ボスに弱点となる目玉が設定、グヨーグ・ツインモルド戦は内容も大きく変更
• 神殿ボスを倒せなくても部屋に入りさえすれば時を戻した後入口からのショートカットが開通する
• 沼地・海岸につりぼりが追加
• あきビン1つ追加

【操作・UI関連】

• メイン画面の時計がデジタル表示に
• 64版のCアイテムセット可能数は3つまでだったがボタン・タッチパネルに2つずつの計4つに
• 変身中にお面を選択しそのまま人間に戻って被れるようになった
• 1度見つけたはぐれ妖精はダンジョンマップに記録されるようになった
• デク花飛行中に真上からの視点に変更可能に
• デクナッツで回転ダッシュからの水切りジャンプをした際ジャンプに勢いが乗らなくなった？のできっちり端に立ち止まってからジャンプしないといけなくなった箇所がある
• ゾーラの水中操作変更

【クロックタウン】

• 銀行の位置が西から時計台裏に変更
• カカシ関連の曲もコレクト画面等で確認できるように
• 時の逆さ歌での時間経過速度低下効果が弱体化
• 宿のカギはゴロンリンクでしか入手できなくなった

【ボンバーズ関連】

• 試験での団員の居場所が変更
• 団員手帳は最初に時を戻した直後にお面屋から受け取るように変更(試験が最初の3日間の1度きり＝コッコを使って東エリアの宝箱が取れなくなった)
• 団員たちに話しかけるとストーリー進行に合わせて手帳イベントのヒントが貰えるようになった

【ウッドフォール】

• 大翼の歌修得が沼地到着直後に変更
• 城中庭の構造が簡略化
• 神殿入口に足場が増設され飛ぶ際飛行距離がギリギリではなくなった
• 観光ガイドでの的当てゲームの景品がハートのかけらからあきビンに変更
• 大妖精から授かるパワーアップが大回転切りから魔法力2倍に（スノーヘッドと入れ替え）

【スノーヘッド】

• 神殿前でのゴロンのララバイ演奏後のムービーが2回目以降短縮
• 神殿入口・内部に落下対策が追加

【ミルクロード】

• ガロのお面のデザインが変更（ガロの反応に合わせてボス・ガロのものに）
  
• ゴーマン三兄弟のイベントが追加、あきビンを入手可能

【グレートベイ】

• 海洋研究所にゾーラジャンプなしで入ることができるように
• ミカウを引き上げる際つかむ操作が追加
• 海のクモ館を1日目のうちにクリアしなくても巨人のサイフが貰えるようになった
• 石コロのお面イベントがタルミナ平原東部から海賊の砦内部に変更
• 神殿内部の水流の変化がマップに載るなど分かりやすくなった
• 氷の矢でどこの水面でも固められる仕様がなくなり固められる箇所には冷気のエフェクトが出るように
• 巨大水車を氷の矢で止める際自動的にベストな位置で止まってくれるようになった

【ロックビル】

• 3日目の墓暴きのあきビンがハートのかけらに変更
• 太陽マークのデザイン変更
• 神殿前のブロックもマップに表示されるようになった
• 神殿前の天地逆転スイッチが入口上に変更(ブロックを動かさなくてもよくなった)
  
• 水中に機雷がある部屋の片方の岸にゾーラジャンプ・デキシーハンド投げなしで上がれるようになった

【鬼神の仮面関連】

• 神殿ボスの攻略方法変更に伴い使いどころが減少
• ゾーラダンジョンの構造が別物に（ゾーラジャンプ必須）
• ボス部屋の他につりぼりでも使用可能